漫画《奇妙共感双男主》讲述了两个性格截然相反的高中男生——冷静理性的学霸沈澈与热情冲动的体育生江野，因一次意外被一道神秘闪电击中后，竟然能共享彼此的情绪与触觉。沈澈在比赛中会感受到江野的紧张与肌肉酸痛，江野在考试时则能体会到沈澈的焦虑与头疼。这种被迫的“感同身受”让两人从一开始的互相嫌弃，不得不开始理解对方的处境与压力。他们在磕磕绊绊中磨合，利用这种奇妙的能力在校园里解决了一系列事件，最终成为了彼此生命中不可或缺的最佳搭档与唯一挚友。
江野在一次重要的篮球决赛前突然感受不到沈澈的心跳声，瞬间惊慌失措，抛下比赛跑回教室，却发现沈澈只是睡着时心里平静如水。江野在赛场边大喊“快醒醒”的名场面诞生。
沈澈持续低烧，江野的大脑却接收到睡眠与发冷的信号。为了让沈澈好好休息，江野硬是在课堂上撑着不让自己打瞌睡，结果自己先被老师点名站着听课，场面十分狼狈又搞笑。
江野被心仪的女生拒绝，巨大的失落感瞬间传递给沈澈。沈澈在课堂上莫名跟着难过起来，甚至差点落泪，被同学们误会是失恋了，两人因此闹出一系列啼笑皆非的误会。
期末考试周，沈澈因用脑过度导致偏头痛，在隔壁班考试的江野突然感觉脑袋要炸开，笔都拿不稳。为了让沈澈放松，江野去天台吹风，沈澈同步感到清凉后，两人学会互相照顾。
为了弄清共感原理，两人在废弃的生物实验室偷偷做实验，一个喝超酸柠檬汁，另一个在图书馆同步扭曲的表情引来众人围观，被管理员当成奇怪的人赶了出去。
江野在操场跑步摔倒膝盖擦伤，正在图书馆看书的沈澈突然感到右膝一阵剧痛并下意识捂住。两人隔着半个校园同时看向对方的方向，命运的齿轮开始转动。